Jimmy 的部落格

Term Project Proposal - Brain Simulator Implementation

我的期末專題與我的個人研究相結合,為實作一個腦模擬器(brain simulator),模擬阿茲海默症在不同時期間腦結構上的變化,以及藥物治療(乙醯膽鹼酶抑制劑AchE-I、麩胺酸NMDA受體拮抗劑)對阿茲海默症之影響。主要的概念是利用物件導向之技術來設計腦的元件(brain components)、連結(connection)與神經傳導物質(neurotransmitters),並以網路模型(network models)描述阿茲海默症,最後透過深網智慧(deep web intelligence)之技術,包含資料探勘、社交網路分析、網路分層(network layers、overlay)以及網路架構(P2P)等來分析網路模型。

REST 以及 REST 與 HTTP 的關係

REST (Representational State Transfer) 是一種軟體架構的風格 (style),雖然它並不是一種標準,但相較於傳統的 web service architecture 如 SOAP or XML-RPC,REST 較為簡單,所以被現在大多數的網路服務所採用,提供 RESTful API 讓開發者存取資料。

左圖呈現出組成 REST 的三個主要的部分,分別為 Nouns、Verbs 以及 Content Types:

Nouns:名詞,代表著網路上的一個資源。通常藉由 URL 來定義一個網路上的資源,而這個 URL 位置是唯一的。

Content Types:定義了資訊如何在電腦間傳送,例如 HTML or XML。電腦可以接收這些結構並解析以取得其中所包含的資訊。

Verbs:定義了對資源的操作方式。包含 GET、POST、DELETE 以及 PUT,也就是 HTTP 中所定義的 method,完美對應到 CRUD (Create, Read, Update, Delete)。

所以由以上可以看出,REST 相當符合 web 的天性。HTTP 可以說是 REST 的一種實作,所以較為直覺,無怪乎現在大部分的服務都改採 RESTful style 的 API 來使得其服務更具擴充性及彈性。

 

參考資料:

[網宣] 暑期宅學營

目的:

同學們是不是常覺得被這麼多的技術搞得暈頭轉向不知所措呢?是不是覺得修起課來力不從心呢?是不是很羨慕那些有能力開發出如 Facebook, Plurk 等知名服務的高手呢?WECO Lab 每學期舉辦宅學營,主要目的就是為了服務繫上同學,幫助同學在與日俱增的技術洪流之中,找到一個立足點,能夠隨著潮流不斷前進,而不被潮流所沖垮。暑假正好就是一個充電的最佳時機,與其渾渾噩噩過完三個月的暑假,不如就來參加宅學營吧!

對象:

不管你是大一還是大四,只要你...

  • 想要複習上課內容
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我們都竭誠歡迎你參加

課程:

除了有 Web 相關知識外(包含基礎知識、安全、應用開發等)、時下最夯的手機開發(Android 與 iPhone)以外還有最新的跨領域技術(Green IT 與 Braininformatics)。

時程:

從八月份開始,每週兩堂課,每堂課六小時(暫定,依課程內容多寡而增減)。

課表:

8/3 Computer Networking + Web Fundamentals - Dr. Mei

8/5 Network and Software Security Overview - Dr. Mei

8/10 Web APIs (Map, Calendar, Analytics, Health) - 范競之, 白紹甫

8/12 Drupal + Facebook development - 蔡宜珊, 王彥苓

8/17 jQuery + Python + Django + Google App Engine - 鍾惠君, 刑崇仁

8/19 Android development + PhoneGap - 歐巡丞, 吳俊毅

8/24 Augumented Reality with Android - 小胖

8/26 Braininfomatics Techniques - Jimmy, 陳毓文(老爹)

8/31 Green IT - 李侃訓(蟲蟲)

9/2 Objective C and iPhone Development - Dr. Mei

 

我們將於 6/23(三)中午 12:00 於 SF648 召開說明會,提供午餐 subway 乙份(請先來信預約)。

來信請寄至 jimmylu@weco.net,並請請附上:

  • 姓名:
  • 系級:
  • 學號:
  • SLS_ID:
  • E-mail :

歡迎有興趣的同學踴躍參加!

Brain Connectivity Toolbox

期末專題報告時,因為時間的關係,沒辦法很詳細跟大家說明如何使用 Brian Connectivity Toolbox,在這邊做個補充。

Brain Connectivity Toolbox (BCT) 是由 Olaf Sporns, Mikail Rubinov, Rolf Kotter, Patric Hagmann 等人提供的一個 matlab toolbox,利用 matlab 強大的矩陣運算能力來分析腦網路。

上圖說明了一件事,我們可以利用矩陣來表示 graph,藉由分析 graph 來分析腦網路。這也是為什麼 Olaf Sporns 等人要選擇使用 matlab 來做為實作的平台了。

在 BCT 的網站上,除了有 BCT 各個 function 詳細的說明之外,作者還提供了許多有用的資訊,例如靈長類和貓的腦連結資料、視覺化工具等等,以下我利用網站上所提供的資料及工具做簡單的示範。

  1. 首先先下載 BCT.zip 並解壓縮。在 matlab 中選擇 File→Set path...,並選擇存放 BCT 的資料夾。如此一來 matlab 找的到這些 function 的位置。
  2. 再來我們下載 writetoPAJ.mreorderMAT.m 這兩個檔案,並同樣在 matlab 中設定 path。這兩個檔案是與視覺化有關的 function。第一個 function 是將矩陣資料轉換成 Pajek 可以接受的檔案,如此一來我們便可以使用 Pajek 來描繪 graph。而第二個 function 則是將矩陣重新排列,使其如上圖之矩陣一般再對角線呈現有連結的腦區域,方便我們分析。
  3. 接著我們下載 cat.mat。這是有關於貓的大腦皮質連結的資料。maltab 中的變數可以儲存成二進位的資料,也就是 .mat 檔案。我們可以在 matlab 中下 load(path) 指令,其中 path 代表 .mat 資料所在的位置。如此我們便可以在 matlab 中使用這些變數。
  4. 當我們將變數載入之後,便可以看到其中包含三個變數 CIJall、CIJctx、Name。CIJall 是貓的腦中包含皮質以及視丘等區域的連結,總共有 95 的節點(腦區域)。CIJctx 則只有皮質的部分,有 52 個節點。而 Name 則是其所定義每個腦區的名字。我們可以在 matlab 中鍵入這些變數的名稱,來觀看其詳細的結構(如鍵入 CIJall 便會顯是一個 95 * 95 的矩陣)。
  5. 有了資料之後我們便可以開始進行分析。利用 BCT 所提供的 function 如 density_dir(),將 CIJall 當作參數傳入,則我們會得到一個介於 0~1 的值來描述此有向圖(directed graph)的密度(若所有的節點皆互相連結,則密度為 1;若所有的節點皆無乎相連結,則密度為 0)。其他的 function 操作皆類似,在這邊就不多加描述。
  6. 若我們想要將網路視覺化,我們可以先利用 reorderMAT() 這個 function 將矩陣重新排列,再將排列好的矩陣傳入 writetoPAJ() 將檔案匯出成 Pajek 可以接受的檔案,如此便可以利用 Pajek 將網路描繪出來。

 

簡單的示範就到這邊,有興趣的人可以自己試試看!

 

參考資料:

  • Rubinov M, Sporns O., "Complex network measures of brain connectivity: uses and interpretations.", NeuroImage, in press, doi:10.1016/j.neuroimage.2009.10.003.

看穿你的心思的小遊戲

 

Akinator, the Web Genius

這應該是一個很久的遊戲了,不過我最近才看到,PTT 的版上好像有很多人在討論,還蠻好玩的。

這個遊戲跟 data mining、machine learning、collective intelligence 都有相關,

大家可以思考一下要是你要做一個這樣的遊戲,該如何做?如何改進?

給大家做個參考。

 

話說他的準確度還真的蠻高的,讓人有「神奇」的感覺。

[Term Project] Analysis of structural connectivity in Parkinson's disease(or other brain disease)

 

I will Search for the web to see if there is a data of brain diseases such as Parkinson's or Alzheimer's. I'd like to do the structural analysis of brain network in such disease by using BrainVoygerQX(a brain analysis software, http://www.brainvoyager.com/) cooperate with BCT(Brain connectivity toolbox, proposed by Mikail Rubinov and Olaf Sporns in 「Complex network measures of brain connectivity: uses and interpretations」, NeuroImage (2009), http://sites.google.com/a/brain-connectivity-toolbox.net/bct/Home) and MatlabBGL(http://www.stanford.edu/~dgleich/programs/matlab_bgl/index.html).

If I don't have such data of brain disease, I may change the direction to do the analysis of web page links(from UCI machine learning data repository) or SLS. I will build a model to see if there is some relationship between the human brain and the web. I will use Weka as a tool if necessary.

From Foursquare To See Creativity

很久沒有追蹤新資訊了,趁著今年寒假稍有空閒之時,我把所訂閱的網站做個分類整理,並恢復每天瀏覽新資訊的習慣。

前一陣子瀏覽新資訊時,有一個很夯的服務 foursquare 不斷出現在各大知名科技網站中,如 ReadWirteWeb、Techrunch、Mashablel 等等。若是以往,我可能會仔細地看看這個服務到底是在做甚麼?特點在哪裡?有沒有甚麼創新之處?商業模式為何?但是因為我現在的身份是研究生而不是專題生,關心的議題自然有所不同,所以我也沒特別留意,只知道它是一個 location-based 的服務。沒隔幾天,我不經意看到 Mashable! 上的一篇文章 Foursquare Achievements Become Fashion Statements With Nerd Merit Badges [PICS],覺得很納悶,想說這個與地圖有關的服務跟徽章(badges)有甚麼關係?於是我才仔細地瞧了一下,不看還好,一看發現這個服務的點子居然跟我去年和末月、小龍三個人窩在小小的實驗室裡想出來的點子如出一轍!(關於 foursquare,大家可以看看 Mr.6 的文章: Foursquare 兩個超級小遊戲潛伏已久,本月市場終於熱鬧大爆炸)

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